一、按项目清算的政策依据
（一）总局规定
国税发〔2006〕187号文件规定：“土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。”
从187号文件规定可以看出，土地增值税必须按项目清算，不受宗地范围和会计核算的影响。187号文件同时明确，同一项目的分期项目等同于独立项目，但187号文件未明确分期项目是否必须是国家有关部门明确的分期项目，纳税人自行分期的是否视同独立项目，实践中一直存在争议。笔者认为，分期项目必须是国家有关部门明确的分期项目，否则难以把握。187号文件未明确国家有关部门具体是哪一个部门。
（二）江苏规定
1、苏地税规〔2015〕8号文件规定：“土地增值税以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算。对于国家有关部门批准分期开发的项目，以分期项目为单位进行清算。对开发周期较长，纳税人自行分期的开发项目，可将自行分期项目确定为清算单位，并报主管税务机关备案。”
8号文件规定与187号文件规定基本一致。8号文件进一步明确了分期项目为国家有关部门批准的分期项目，但同时又保留了纳税人自行分期的权限，笔者认为这是不妥当的，原因有以下几点：一是什么情况下可以界定为“开发周期较长”，这是难以量化的，而且无论怎样量化都存在不公平性；二是纳税人自行分期权限过大，分期的大小、各个分期涵盖的开发产品和公共配套如果都由纳税人自行决定，则会产生自行调节税负的可能；三是在大多数情况下纳税人是不可能主动去备案的，这一规定对于税务机关来说形同虚设，失去了主动权；四是当纳税人觉得分期清算有利时，是否随时都可以备案？对于备案的有效时限实践中难以把握；五是税务机关是否有认定不符合备案条件不准予备案的权利，实践中存在争议。
需要说明的是，在大多数情况下同一项目分期清算都有可能增加税负，但是在特定情况下也有可能降低税负，例如在有些情形下分期清算普通住宅免税而合并清算不能免税。
8号文件仍未明确国家有关部门是哪一个部门。
2、苏地税规〔2015〕8号文件规定：“对同一宗地块上的多个批准项目，纳税人进行整体开发的，可将该宗土地上的多个项目作为一个清算单位，并报主管税务机关备案。（注：自2017年1月1日起废止）
如果把分期清算看成项目分立，那么上述规定就是项目合并。笔者认为，把项目的合并分立交由纳税人自行决定是极其不妥的，理由同上，上述规定的废止原因应当是实践中矛盾太多且无法解决。
3、原江苏省地方税务局以白皮书的形式明确：“国家有关部门原则上是指发改委。但对收入、成本难以确定的特殊情况，如对发改委因批准权限限制将同一宗地块分为多个项目，可根据规划或建设部门核发的建设工程规划许可证确定清算单位。“
房地产开发项目的审批部门是发改委，因此项目和分期项目应当由发改委立项文件确定。同一文件中明确的分期项目也应当分期清算。笔者认为，收入与成本难以确定的特殊情况实际上是不存在的。对确因审批权限不够而人为割裂划分的多个项目进行合并清算在操作层面是合理的，但是笔者认为合并清算的依据应当仍然由发改委出具，工程规划许可证不能证明发改委的“批准权限“问题。
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